所属は参加当時、複数ある場合は以前の職場か表記ゆれ。学生かどうかはわかる範囲で更新あり。

運営委員

1. 島村 徹平
   • 名古屋大学大学院医学研究科/東京医科歯科大学難治疾患研究所
   • 名古屋大学大学院医学系研究科システム生物学分野
   • 第７回：深層生成モデルで読み解く生命システムの動作原理
   • 第６回：細胞間コミュニケーションを読み解くためのデータ科学
   • 第５回：細胞集団のダイナミクスを捉えるためのベイズモデリング
2. 本田 直樹
   • 広島大学大学院統合生命科学研究科
   • 京都大学大学院生命科学研究科
   • 第７回：変異体空間トランスクリプトームの再構成
   • 第７回：座長
   • 第５回：抗原の有害・無害の識別
3. 藤生 克仁
   • 東京大学大学院医学系研究科先進循環器病学
   • 東京大学循環器内科
   • 第７回：心臓の話
   • 第７回：座長
   • 第６回：臨床AIアルゴリズムと心臓シミュレーターを組み合わせた心疾患機序解明
   • 第５回：免疫細胞による組織保護作用の造血幹細胞レベルでの運命決定機構
   • 第４回：細胞バーコードによる組織免疫細胞トレーシング
   • 第３回：炎症の惹起と消退をつなぐ分子の検討
4. 上野 英樹
   • 京都大学大学院医学研究科免疫細胞生物学
   • 第７回：COVID-19における新型コロナS蛋白特異的T細胞の多様性
   • 第７回：座長
   • 第５回：TCRseqによるT細胞分化、可塑性の解析
5. 小林 徹也
   • 東京大学生産技術研究所
   • 第７回：グラフニューラルネットワークによる分子表現と匂い認知の予測への応用
   • 第７回：座長
   • 第５回：repertoire seqと機械学習
   • 第３回：免疫学習の数理
   • 第２回：免疫レパートリーを解読する
   • 第１回：定量免疫学に向けて
6. 由雄 祥代
   • 国立国際医療研究センター肝疾患研究部
   • 国立国際医療研究センター肝炎・免疫研究センター肝疾患研究部
   • 第７回：座長
   • 第６回：高度肥満患者における免疫変容
   • 第５回：慢性肝疾患患者の予後改善に向けた数理モデル適応の可能性
7. 伊藤 美菜子
   • 九州大学 生体防御医学研究所
   • 九州大学生体防御医学研究所アレルギー防御学分野
   • 第７回：中枢神経系疾患の免疫細胞のシングルセル解析
   • 第６回：脳の疾患における免疫細胞の解析
   • 第５回：脳梗塞後の免疫細胞の解析
8. 山本 玲
   • 京都大学高等研究院ヒト生物学高等研究拠点(ASHBi)
   • Institute for Stem Cell Biology and Regenerative Medicine, Stanford University School of Medicine
   • 第６回：造血幹細胞の自己複製・多分化能の解明を目指して
   • 第５回：造血幹細胞の多様性を理解する
   • 第４回：From in vivo to in silico single-cell biology and back
   • 第３回：Single cell analysis of stem cell
   • 第２回：幹細胞老化
   • 第１回：シングルセル移植により明らかとなった造血幹細胞のふるまい
9. 山崎 聡
   • 筑波大学医学医療系幹細胞治療分野
   • 東京大学医科学研究所幹細胞生物学分野
   • 第６回：ヒト造血幹細胞の増幅
   • 第５回：造血幹細胞の増幅を用いた完全なるゲノム編集とその応用
   • 第４回：無タンパク質培養系による造血幹細胞の増幅と維持
   • 第３回：培養条件をシンプルにすることによる造血幹細胞の理解
10. 川上 英良
    • 理化学研究所医科学イノベーションハブ推進プログラム
    • 理化学研究所医科学イノベーションハブ推進プログラム / 千葉大学大学院医学研究院人工知能（AI）医学
    • 第５回：機械学習生存時間解析に基づくCOVID発症・重症化の個別評価
    • 第４回：メタゲノムデータに基づく疾患層別化と個別化創薬
    • 第３回：機械学習による疾患層別化と予測
    • 第２回：遺伝子発現データの次元圧縮と状態空間モデルによる時系列解析
    • 第１回：ネットワークモデルに基づく免疫応答ダイナミクスの解析
11. 篠原 正浩
    • 国立障害者リハビリテーションセンター
    • 東京医科歯科大学大学院 医歯学総合研究科
    • 第４回：障害者の骨をどう守る？
    • 第２回：メカニカルストレスによる骨組織制御
    • 第１回：関節リウマチ骨破壊と骨免疫学〜Systems Osteoimmunologyの挑戦〜
12. 岩見 真吾
    • 名古屋大学大学院理学研究科理学専攻異分野融合生物学研究室（iBLab）
    • 九州大学大学院理学研究院生物科学部門
    • 第７回：座長
    • 第５回：In silico Randomized Clinical TrialによるCOVID-19の臨床試験デザイン
    • 第４回：多階層動態の定式化と定量的データ解析
    • 第１回：骨免疫の数理モデル
13. 岩波 翔也
    • 名古屋大学大学院理学研究科理学専攻異分野融合生物学研究室（iBLab）
    • 九州大学大学院理学研究院生物科学部門
    • 九州大学大学院システム生命科学府
    • 第７回：造血幹細胞の分化の数理モデルによるデータ解析
    • 第７回：座長
    • 第６回：数理モデルでとらえる細胞分化動態
    • 第５回：造血幹細胞分化と老化の定量的理解
    • 第４回：１造血幹細胞移植実験のデータ解析と造血幹細胞の老化
    • 第３回：造血幹細胞分化の数理モデルと１細胞移植実験のデータ解析
    • 第２回：１細胞移植実験のデータ解析
    • 第１回：骨髄球バイパスを含む造血システムの数理モデル

学生以外

1. 野下 浩司
   • 九州大学
   • 九州大学大学院理学研究院生物科学部門
   • JST さきがけ専任研究員
   • 第７回：細胞表現型スクリーニングへ向けた形態記述子による定量化
   • 第５回：骨構造の積極的定量化とデータ解析
   • 第３回：骨構造の積極的定量化へ向けた数理シミュレーションと画像解析
   • 第２回：骨構造のステレオロジ的解析とシミュレーション
2. 斉藤 稔
   • 広島大学統合生命科学研究科
   • 第７回：細胞運動動態の機械学習解析と数理モデリング
3. 中林 潤
   • 東京医科歯科大学教養部数学分野
   • 横浜市立大学先端医科学研究センターバイオインフォマティクス解析室
   • 第７回：格子モランモデルによる肝細胞がんHBV DNA Integration siteの多様性維持機構の解析
   • 第５回：慢性骨髄性白血病（CML）細胞系譜ネットワークの双曲空間への埋め込み
   • 第４回：Topological Data Analysis (TDA)を用いたsingle cell RNA-seqデータの解析
   • 第３回：慢性骨髄性白血病細胞のscRNA-seq解析：ディリクレ過程混合モデルによるクラスタリング
   • 第２回：がん微小環境における骨髄由来免疫抑制性細胞の分化を制御する転写因子ネットワークの解析
   • 第１回：宿主APOBECとHIV-1 Vifタンパク間の共進化
4. 矢田 祐一郎
   • 広島大学統合生命科学研究科
   • 第７回：階層ベイズモデルによるアミロイドβ蓄積量の推定
   • 第６回：2次元神経細胞集団の活動多様性と応用
5. 高濱 正吉
   • 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所免疫老化プロジェクト
   • 第７回：膵臓がん患者における腫瘍関連抗原特異的CD8+ T細胞応答の必要性
   • 第６回：ヒト臨床試験における生体応答の予測に向けた非ヒト霊長類モデルの活用（~免疫賦活化剤と肝移植を例に）
6. 片山 量平
   • 公益財団法人がん研究会がん化学療法センター基礎研究部
   • 第７回：がん免疫記憶モデルを用いた治療抵抗性規定因子の探索
   • 第６回：がん免疫チェックポイント阻害薬に対する抵抗性機構の解析
   • 第４回：がん治療薬耐性のメカニズムと多様性
7. 福原 崇介
   • 北海道大学
   • 北海道大学大学院医学研究院病原微生物学教室
   • 第７回：ワクチンによるSARS-CoV-2に対する免疫誘導への免疫抑制剤の影響
   • 第６回：SARS-CoV-2の病原性と薬剤耐性に関する解析
   • 第５回：高速リバースジェネティクス法を駆使したSARS-CoV-2解析
8. 衣笠 泰葉
   • 医薬基盤・健康・栄養研究所
   • 第７回：新型コロナウイルス感染症の重症化予測AIモデル
9. 中岡 慎治
   • 北海道大学
   • 北海道大学大学院先端生命科学研究院
   • JST さきがけ専任研究員
   • 第７回：擬似時間再構成法を用いた複合オミクスデータ解析
   • 第７回：座長
   • 第６回：免疫性疾患発症に伴う細菌叢遷移を検出するための数理解析手法
   • 第５回：生存時間分析と再生過程の統合解析
   • 第３回：年齢構造個体群モデルからポテンシャルエネルギー関数の導出と応用
   • 第２回：ウイルス感染時における細菌叢変化に関わる種を同定するデータマイニング
   • 第１回：形式文法による免疫応答の表現と炎症過程記述への応用
10. 大澤 毅
    • 東京大学先端科学技術研究センターニュートリオミクス・腫瘍学分野
    • 第７回：腫瘍微小環境における免疫細胞を介した代謝適応機構
11. 森 泰三
    • 国立国際医療研究センター肝炎・免疫研究センター肝疾患研究部
    • 第７回：非アルコール性脂肪肝炎(NASH)病態形成に関わる免疫制御因子の解析
12. 山口 智之
    • 野崎徳洲会病院附属研究所
    • 野崎徳洲会病院附属研究所免疫システム研究部
    • 第７回：強化学習過程としての生命現象
    • 第６回：学習過程による遺伝子発現制御
    • 第５回：新しい遺伝子発現制御モデルと1細胞RNA-Seq
    • 第４回：免疫応答モデルとその応用
    • 第２回：制御性T細胞による免疫調節機構の数理モデルとシミュレーション
13. 熊谷 雄太郎
    • 産業技術総合研究所
    • 産業技術総合研究所生命工学領域
    • 大阪大学 免疫学フロンティア研究センター
    • 第７回：免疫システムの情報理論
    • 第６回：情報量最大化による免疫系のダイナミクス
    • 第５回：免疫系の情報処理：細胞の情報伝達と全体最適化
    • 第４回：免疫系の情報処理機構
    • 第３回：免疫システムの情報処理機構
    • 第２回：免疫システムの情報処理（２）
    • 第１回：免疫システムの情報処理
14. 堀江 健太
    • 理化学研究所生命医科学研究センター免疫恒常性研究チーム・東京大学大学院薬学系研究科薬科学専攻
    • 第７回：放射線照射が及ぼす胸腺上皮細胞における遺伝子発現への影響
15. 堅山 耀太郎
    • 東京大学大学院工学系研究科
    • 東京大学大学院工学系研究科電気系工学専攻
    • 第７回：深層学習によるTCR-pMHC結合予測
    • 第６回：T細胞レパトアデータによる免疫状態の分類手法について
16. 澤 新一郎
    • 九州大学生体防御医学研究所
    • 九州大学生体防御医学研究所粘膜防御学分野
    • 第７回：腸管マクロファージニッチ細胞の解析
    • 第４回：「免疫の場」を構成する細胞群の運命追跡
17. 住谷 瑛理子
    • 東京大学大学院医学系研究科
    • 第７回：一細胞遺伝子発現解析を活用した骨髄発生に寄与する新規細胞集団の同定
18. 太田 亮作
    • 広島大学統合生命科学研究科データ駆動生物学研究室
    • 第７回：タンパク質立体構造情報に基づくヒト免疫不全ウイルスの薬剤耐性の予測
19. 石川 哲朗
    • 慶應義塾大学医学部／理化学研究所情報統合本部先端データサイエンスプロジェクト
    • 理化学研究所医科学イノベーションハブ推進プログラム
    • 第７回：健康・医療データの次元からひもとく
    • 第６回：睡眠覚醒パターンの発達特性をシェイプで読み解く
    • 第５回：機械学習を用いたCOVID-19に関連するデータ分析
    • 第４回：説明可能な機械学習を用いた疾患発症リスク評価と予測
    • 第３回：エネルギーランドスケープによる２型糖尿病の発症予測
    • 第２回：エネルギーランドスケープモデルに基づく臨床心理経時データの解析
20. 梶田 真司
    • 福井大学学術研究院工学系部門生物応用化学講座
    • 東京大学生産技術研究所
    • 第７回：患者由来遺伝子発現量データからの疾患進行度推定とその応用
    • 第６回：疾患ダイナミクスから慢性骨髄性白血病の治療効果を個別かつ早期に予測する
    • 第４回：免疫T細胞が類似抗原を識別するメカニズムについての理論的考察
21. 安永 純一朗
    • 熊本大学大学院生命科学研究部血液・膠原病・感染症内科
    • 第６回：ヒトT細胞白血病ウイルス1型ｰ宿主免疫の攻防と病態
    • 第４回：ヒトT細胞白血病ウイルス1型の病原性発現機構
22. 小関 準
    • 名古屋大学大学院医学系研究科システム生物学
    • 第６回：トポロジーデータ解析を用いた微小構造変化がもたらす構造及び相互作用変化解析
23. 佐々木 顕
    • 総合研究大学院大学・先導科学研究科
    • 第６回：免疫逃避は病原体の強感染性や強毒性を進化させる
    • 第２回：標的細胞への感染多重度(MOI)とウイルスの進化
    • 第１回：インフルエンザウイルス進化を駆動する宿主免疫構造の次元
24. 久場 敬司
    • 秋田大学大学院医学系研究科分子機能学・代謝機能学講座
    • 第６回：空間的トランスクリプトームを用いた癌heterogeneityと転移制御機構の解析
    • 第５回：ACE2酵素活性によるCOVID-19急性肺傷害の治療
    • 第３回：CCR4-NOT複合体を介したRNA制御による生体恒常性維持機構
25. 丸山 玲緒
    • がん研究会・がん研究所・がんエピゲノムプロジェクト
    • 第６回：乳がんの多様性の解析
    • 第５回：乳がん臨床検体のscATAC-seq解析
26. 田中 都
    • 名古屋大学環境医学研究所分子代謝医学分野
    • 第６回：細胞死を起点とした慢性炎症のメカニズム
27. 岩野 智
    • 理化学研究所脳神経科学研究センター細胞機能探索技術研究チーム
    • 第５回：生命科学研究を志向してホタル生物発光反応を進化させる
28. 太田 禎生
    • 東京大学先端科学技術研究センター
    • 第５回：Ghost cytometry technologies and applications
29. 洲崎 悦生
    • 東京大学大学院医学系研究科
    • 第５回：セルオミクスによる細胞ネットワークの定量的解析
30. 林 周斗
    • 東京大学大学院医学系研究科
    • 第５回：分子動力学を用いた抗体構造ランドスケープ解析
31. 野木森 拓人
    • 医薬基盤・健康・栄養研究所
    • 第５回：次世代フローサイトメーターを用いた免疫老化解析
32. 花田 俊勝
    • 大分大学医学部細胞生物学講座
    • 第４回：tRNAの代謝異常による神経変性疾患の発症機構
33. 佐伯 晃一
    • 東京大学大学院新領域創成科学研究科
    • 総合研究大学院大学 先導科学研究科
    • 第４回：数理モデルを用いたTCRシグナル依存的なT細胞分化の検討
    • 第１回：T細胞の最適な特異性と、制御性T細胞の意義に関する数理モデル
34. 寺口 俊介
    • 大阪大学免疫学フロンティア研究センター
    • 東北大学 東北メディカルメガバンク機構 ゲノム解析部門
    • 第４回：Structural modeling of T cell receptor and its application
    • 第１回：抗原提示の階層的モデル
35. 原 朱音
    • 九州大学大学院 システム生命科学府
    • 第２回：免疫系・腸内細菌叢結合モデルの解析
    • 第１回：アレルゲン免疫療法の理論的解析
36. 鎌倉 昌樹
    • 富山県立大学 工学部生物工学科
    • 第２回：ミツバチの寿命におけるエピジェネティック制御機構の解析
37. 五島 祐樹
    • 理化学研究所医科学イノベーションハブ推進プログラム健康医療データAI予測推論開発ユニット
    • 第３回：膠原病疾患の治療評価と数理
    • 第２回：CD226ダイナミクスの解析による造血幹細胞移植時の副作用発生メカニズム

学生

1. 福井 雅也
   • 広島大学
   • 第７回：細胞骨格モデルを用いた、アクチン集合体の自己組織化と細胞膜変形の解析
2. 西山 尚来
   • 名古屋大学大学院理学研究科理学専攻異分野融合生物学研究室（iBLab）
   • 第７回：分泌型IgA抗体誘導動態とウイルス排出動態の定量的分析
3. 木下 恭兵
   • 東京大学大学院工学系研究科
   • 第７回：胸腺上皮細胞のシングルセル解析
4. 片岡 優之介
   • 広島大学理学部数学科
   • 第７回：最適輸送による臓器間ネットワーク解析
5. 堀口 修平
   • 東京大学大学院情報理工学系研究科
   • 東京大学大学院情報理工学系研究科数理情報学専攻
   • 東京大学工学系研究科電気系工学専攻
   • 第７回：細胞集団動態の勾配流によるモデリング
   • 第６回：細胞集団の勾配流とT細胞分化モデル
   • 第５回：学習理論に基づく胸腺の機能的意義
   • 第４回：獲得免疫系の強化学習モデルとその数理構造
6. 吉村 雷輝
   • 名古屋大学大学院理学研究科理学専攻異分野融合生物学研究室（iBLab）
   • 第７回：機械学習を駆使した急性肝不全の予後予測モデリング
7. 神前 政智
   • 理化学研究所情報統合本部先端データサイエンスプロジェクト
   • 第７回：マルコフ決定過程とクラスタリングを用いた大規模臨床データからの治療成績解析
8. 吉戸 香奈
   • 京都大学生命科学研究科
   • 第６回：幹細胞ホメオスタシスの一般理論
   • 第４回：適応免疫におけるヘルパーT細胞および制御性T細胞の記憶動態
9. 臼木 千明
   • 九州大学理学部生物学科
   • 第３回：異なる重力環境下での骨量変動予測
10. 金子 和正
    • 東京大学大学院工学系研究科電気系工学専攻
    • 第３回：細胞内シグナリングネットワークにおける応答時間を一定に保つメカニズム
    • 第２回：胸腺T細胞分化の数理モデリング
    • 第１回：胸腺における上皮細胞との相互作用によるT細胞分化制御の理論解析
11. 東別府 真愛
    • 九州大学理学部生物学科
    • 第２回：異なる重力下での骨量変動予測